影片讲述了民国时期永福村发现重大命案，警局体制陈旧不作为，推诿到侦探社，社长跑路，留下一心想破大案的女侦探周怡(周梦饰)，陷入了迷茫。偶得高人指点，周怡来到县城监狱见到了风流倜傥的神探姚杰斯(彭敬慈饰

电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝政府在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。